一、Overexpression of a novel gene , Cms1, can rescue the growth arrest of a Saccharomyces cerevisiae mcm10 suppressor（论文文献综述）
张琦[1]（2021）在《基于多组学数据的活跃模块识别问题研究》文中指出随着深度测序技术的快速发展,大量高通量组学数据可用于研究分子水平上的致癌机制。研究表明,癌症的产生和发展是由模块/通路而不是单个基因调控的。研究人员发现,活跃模块与癌症的产生和发展有关。活跃模块是一组参与生物信号通路或其生成的蛋白质具有重要相互关系的基因,其识别研究成为确定与癌症相关的通路和模块的重要问题。围绕该问题的研究,本文主要工作如下:基于基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据,对基因优先级排序方法进行研究。利用基因间邻居节点的信息,建立计算基因活跃评分的p步随机游走核回归模型。基于基因的活跃评分与其在蛋白质互作网络中的度,提出两种基因优先级排序方法GEPR1（Gene Prioritization 1）和GEPR2（Gene Prioritization 2）。GEPR1方法利用活跃评分和度的加权相对差距和确定基因优先级。进一步,为避免权值设定时人为因素的影响,提出基于帕累托最优共识（Pareto Optimality Consensus,POC）策略的基因优先级排序方法GEPR2,利用POC方法中的帕累托最优确定每两个基因之间的压制关系得到基因优先级排序。利用真实的乳腺癌数据和宫颈癌数据对GEPR1、Sig Mod、LEAN和Reg Mod方法进行对比。与Sig Mod、LEAN和Reg Mod方法相比,GEPR1方法得到的基因优先级排序的前100～800基因列表中识别了更多的被OMIM数据库和CCDB数据库所标记的与癌症有关的基因。与GEPR1方法相比,GEPR2方法在基因优先级排序的前100～800基因列表中的识别性能更好。基于用上述排序方法计算的基因优先级,提出活跃模块识别模型和贪婪搜索算法NSEA（Node Set Expansion Algorithm）。该算法引入基因间亲密度来量化基因在蛋白质相互作用网络中的相关程度,并在此基础上引入基因与模块的亲密度来量化基因与模块的相关程度,利用贪心策略通过亲密度和活跃评分对模块进行不断扩展,以得到一个活跃评分高且连通性好的活跃模块。在真实的乳腺癌数据和宫颈癌数据下进行实验,与Sig Mod、LEAN和Reg Mod方法进行对比,实验结果表明,NSEA方法识别的模块具有更高的富集倍数（Fold Enrichment）和连通强度。NSEA方法识别的模块中有许多基因富集在与癌症有关的信号通路中,识别的大多数基因是被前人文献证实过的致癌基因或肿瘤抑制基因。此外,NSEA方法确实可以检测到许多Sig Mod、LEAN和Reg Mod方法缺失的癌症相关基因。在模拟数据集中,对NSEA、Sig Mod、LEAN和Reg Mod方法在查准率、查全率和F1-score进行对比分析,模拟数据的结果也进一步证实NSEA方法能够在更大的网络中识别出候选强连通模块,并在查准率、查全率和F1-score方面表现均较好。综上所述,本文对活跃模块的识别问题进行研究,提出了两种基因优先级排序方法GEPR1和GEPR2和活跃模块识别算法NSEA。实验结果表明,这些方法可能成为识别与癌症相关的活跃模块的有用补充工具,并在了解癌症发病机制方面发挥辅助作用。
李盼[2]（2021）在《酿酒酵母Cip1调控细胞周期G1/S转换的功能研究》文中研究指明细胞周期调控是维持细胞正常增殖和基因组稳定的核心与基础。细胞周期Gl/S检验点是监测细胞是否进入分裂周期,决定DNA复制起始的重要关卡,在酵母中被称为“START”检验点,哺乳动物中称为限制性点（Restriction Point）。细胞周期Cdk1蛋白是真核生物G1/S转换的关键激酶,其调控机制成为细胞增殖研究的核心。酿酒酵母作为最简单的真核模式生物,在细胞周期调控领域做出突出贡献,也为癌症关键基因的功能解析奠定了模式基础。着名抑癌基因Rb、p53、p21等均参与G1/S检验点调控,其突变是导致癌症发生发展的关键因素。Rb酵母同源蛋白Whi5的功能解析极大促进其抑癌机理的阐明。上世纪80年代开始,科学家们在模式生物中试图寻找抑癌基因p53和p21功能同源物,从而简化抑癌机制的研究。本课题组前期鉴定酿酒酵母一个新蛋白YPL014W参与细胞周期G1/S转换,将其命名为Cip1（Cdk1 inhibitor protein）,并提出Cip1是人类p21蛋白的功能类似物。Cip1蛋白特异性结合G1期Cln3-Cdk1复合体,并抑制其活性。本课题研究发现敲除Cip1蛋白已知底物Cln3并不能挽救Cip1过表达导致的细胞周期阻滞,推测Cip1可能还有其它底物。通过免疫印迹及qPCR 比较cln3△突变体和cln3△Cip1△突变体中S期标志基因CLN2的表达情况,发现cln3△Cip1△突变体细胞更早进入S期。该结果进一步证明细胞周期G1/S转换过程中,Cip1具有不依赖于Cln3-Cdk1的另一条调控通路。为寻找Cip1另一调控通路靶蛋白,本研究结合免疫共沉淀和质谱鉴定筛选分析Cip1相互作用的一系列新蛋白。通过对Cip1互作蛋白的功能注释,利用酵母双杂和免疫共沉淀验证,证明Ccr4-Not复合物的两个亚基Ccr4和Caf120均与Cip1蛋白相互作用。并且发现Cip1同功能蛋白p21和人Ccr4也有类似相互作用。互作蛋白质筛选表明酵母和人细胞Ccr4蛋白是Cip1/p21另一调控通路的候选新靶标。已有研究表明Ccr4参与调控WHI5基因mRNA稳定性,从而调控细胞周期G1/S转换,其具体分子机制尚不明确。本课题利用蛋白质瞬时降解技术,构建Ccr4条件缺失突变体,证实Cln3和Ccr4同时缺失存在合成致死的遗传学效应,表明Ccr4与Cln3位于两条并行通路参与调控细胞周期G1/S转换。此外,本研究发现分别过量表达Cln3或Cafl20部分回复Cip1过表达导致的细胞生长缺陷,表明Cip1负调控Cln3和Ccr4两条并行通路。Whi5（Rb同源蛋白）是已知的G1/S转录阻遏蛋白,其活性分别受Cln3和Ccr4调控。本研究发现敲除WHI5可以挽救Cip1过表达导致的细胞周期阻滞。综上所述,Ccr4和Cln3是共同抑制Whi5的两条并行途径,受Cip1负调控。此外,通过突变体遗传学分析和酵母双杂检测,初步推测Thr135是Cip1一个重要的磷酸化位点,其磷酸化可能介导其对Cln3和Ccr4的调控。本研究证明Cip1充当双重阻遏物,负调控Cln3-Cdk1和Ccr4-Cafl20复合物,从而保持Whi5活跃,阻断SBF介导的Gl/S基因转录。Cip1调控细胞周期G1/S转换工作模型的新发现推进了对真核生物细胞周期调控机制的认识,也为深入研究人类抑癌分子机制提供理论基础和新思路。
高阳[3]（2021）在《CDC20和RRM1基因在人结直肠癌辐射敏感性调控中的作用》文中认为放疗是恶性肿瘤治疗的重要方式之一。临床统计数据显示,70%左右的癌症患者在治疗过程中会涉及到单独性或辅助性放射治疗。然而因为个体的差异性以及肿瘤的异质性,辐射耐受与辐射抵抗严重影响临床放疗患者的治疗与预后。因此,研究如何提高肿瘤细胞的辐射敏感性,对于肿瘤的“精准放疗”具有重要的科学意义与临床价值。本研究基于课题组前期构建的人类肿瘤放疗靶点整合数据库dbCRSR,结合GEO数据库中的表达数据,综合考虑蛋白质相互作用（PPI）以及基因共表达关系,构建新的基因网络;通过对网络中的基因进行富集分析和聚类,筛选出细胞分裂周期蛋白20（CDC20）与核糖核苷酸还原酶大亚基（RRM1）这两个潜在调控因子。围绕这两个基因,开展了以下工作:第一部分:CDC20通过调控内源性细胞凋亡信号影响肿瘤细胞的辐射敏感性辐射诱导线粒体通路的肿瘤细胞凋亡是放疗的理论基础,然而异常的凋亡信号是大部分肿瘤产生辐射抵抗的主要诱因,因此恢复异常的凋亡途径是改善肿瘤放射治疗的新策略。基于此,本研究确定了靶向CDC20通过线粒体依赖性细胞凋亡信号提高结直肠癌的辐射敏感性。CDC20高表达于人类癌症组织及肿瘤细胞,并且辐射可以激活CDC20mRNA和蛋白的表达。通过构建稳转细胞系发现,稳定敲低CDC20的表达可以降低结直肠癌的增殖活力并增加辐射诱导的DNA双链断裂损伤以及内源性凋亡信号。具体的,降低CDC20可以减弱抗凋亡蛋白Mcl-1的表达,但并不影响其它Bcl-2家族蛋白的表达。免疫沉淀和GST-Pulldown实验证明CDC20蛋白和Mcl-1蛋白存在直接相互作用并同时响应辐射刺激。CDC20被抑制后,受影响的Mcl-1蛋白抑制下游细胞周期检验点激酶Chk1的磷酸化,进而降低了同源重组修复蛋白Rad51的表达水平并导致DNA双链断裂损伤增加,最终诱导凋亡信号的发生。此外,CDC20和Chk1的小分子抑制剂以及体内研究均证实CDC20通过抑制Mcl-1和p-Chk1的表达引起辐射增敏。以上结果揭示了 CDC20影响结直肠癌辐射敏感性的新机制,提示CDC20可以作为改善癌症放射治疗的潜在靶点。第二部分:靶向RRM1通过调控铁死亡途径改善肿瘤细胞的辐射敏感性RRM1通过提供dNTPs原料来参与DNA的合成过程。本文报道了靶向RRM1通过破坏谷胱甘肽过氧化物酶（GPx）的活性和GPX4的表达,降低还原型谷胱甘肽（GSH）的生成,增加细胞活性氧（ROS）和脂质过氧化的积累,从而促进铁死亡的发生,并影响了人类肿瘤细胞对放射线（伽马射线）和化学药物（顺铂）的敏感性。使用免疫共沉淀与免疫印迹两种方法,本研究证明了 RRM1通过调节p53与泛素化酶MDM2以及去泛素化酶USP11的物理相互作用来调控p53的稳定性。具体来说,敲低RRM1促进p53和MDM2的结合,同时减弱p53与USP11的结合,进而增加p53的泛素化。不稳定的p53通过p21蛋白抑制GPX4的表达,从而引起铁死亡的发生。此外,本文也证实了靶向RRM1可以增加辐射诱导的DNA双链断裂损伤和凋亡信号,并引起辐射诱导的铁死亡和细胞凋亡两种细胞死亡方式之间的串扰。基于这些发现,本文认为RRM1作为辐射抵抗的潜在靶标,可以通过靶向肿瘤的抗氧化防御系统来提高癌症患者的放疗治疗效果。综上所述,本研究以肿瘤细胞放疗增敏关键靶点入手,揭示了胞质靶点（CDC20、RRM1）的辐射增敏机制。该研究为放疗标志物的筛选提供了有力的实验依据,同时也对放疗的“生物精准”及临床转化研究具有重要意义。
孟锦[4]（2020）在《赖氨酸巴豆酰化在mESC多能性调控中的作用研究》文中提出研究背景与目的:多能干细胞（PSCs）可以在不同的培养条件下进行体外增殖,并产生具有不同特性和状态的细胞。理解PSCs如何从一种状态过渡到另一种状态,最终导致特异性分化,对于发育生物学和再生医学非常重要。尽管有很多有关控制这些过渡基因表达变化的信息,但对蛋白质翻译后修饰在多能性调控中的作用了解得却很少。蛋白质巴豆酰化是新发现的翻译后修饰,它以代谢产物巴豆酰-CoA为酰基供体,在巴豆酰转移酶的催化下被共价结合在赖氨酸残基上。在我们的课题中,我们希望通过观察不同PSC中赖氨酸巴豆酰化蛋白质组的差异与变化来探究赖氨酸巴豆酰化修饰对细胞多能性调节的潜在影响,而本文将主要论述赖氨酸巴豆酰化与mESCs（Serum/Lif培养条件）多能性调控的关系。研究方法:我们从植入前后的小鼠胚胎中分别获得了mESCs和m EpiSCs并培养在相应的培养基中,其中,mESCs被分别培养在含有不同组分的三种培养基中,包括S/L、2i/LIF和分化培养基,借助这四种不同的培养条件,我们希望获得处于四种不同状态的PSCs。然后,我们分别收集四种培养条件下的细胞并借助于巴豆酰化肽的亲和纯化和液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）对小鼠PSCs中处于不同细胞状态（包括基态、亚稳态和早期分化阶段的亚稳态mESCs以及处于primed多能态的mEpi SCs）的蛋白质巴豆酰化进行了系统性的分析。研究结果:我们的研究成功地鉴定了2,578个蛋白质中的8,102个巴豆酰化位点,其中1426个蛋白质具有高置信度。这些高置信度的巴豆酰化蛋白中包含了一些与多能性相关的蛋白,它们参与了与多能性调控相关的生物学过程,如RNA生物发生、中心碳代谢和蛋白酶体介导的蛋白质稳态平衡。有趣的是,在亚稳态mESCs（S/L条件培养的mESCs）中我们发现通过巴豆酸处理提高巴豆酰辅A的细胞水平会增加蛋白酶体活性并延缓细胞分化,表明蛋白酶体活性的增强有助于维持细胞多能性。此外,我们发现并验证了多种新的巴豆酰化蛋白,包括多能性调节因子（LIN28A）、RNA m6A阅读器（YTHDF2）和己糖激酶2（HK2）。结论:经巴豆酸处理过的mESCs在正常培养条件下可以保持多能性,在分化条件下可以延缓分化,这表明赖氨酸巴豆酰化有利于mESCs的多能性维持。关于巴豆酸处理引起的mESCs中蛋白酶体活性的增强,据报道UPS在mESCs的多能性调节中起着重要作用,因此,我们推测,巴豆酸可能通过增强蛋白酶体活性来促进mESCs的多能性维持。我们的蛋白质巴豆酰化数据集对于多能性调节的进一步研究将是有价值的,包括新陈代谢在其它细胞命运转变中的作用研究。
罗国庆[5]（2017）在《去泛素化酶RPN11促进乳腺癌细胞增殖和迁移》文中研究说明乳腺癌的发病机制尚不明确。泛素化可以在许多方面影响癌症的发生和发展。泛素化是一个动态的、可逆的过程;而泛素化的反向反应和调节是由去泛素化酶控制的。RPN11是一种重要的去泛素化酶,影响细胞活性及肿瘤转化。有研究显示RPN11在癌细胞中表达上调,主要见于黑色素瘤、卵巢癌及白血病细胞,在这些癌中RPN11可作为恶性肿瘤的标志。并可作为癌症治疗的一个靶点。为探讨RPN11在乳腺癌发病机制中所起的作用,我们首先检测对比RPN11在乳腺癌及其癌旁组织的表达情况。采用行业内通用方法qRT-PCR对研究患者体内癌组织中RPN11的表达,结果显示较癌旁组织,乳腺癌组织高表达RPN11。此外,我们检索并分析GSE3744数据集,该数据集包含47例乳腺癌数据,也同样发现乳腺癌组织中高表达RPN11。我们应用western blot的方法检测6例乳腺癌新鲜组织及其癌旁组织中RPN11的表达,也发现RPN11在乳腺癌组织中高表达。我们通过免疫组化的方法检测RPN11在142例乳腺癌病例的组织芯片中的表达情况。结果显示,RPN11在正常组织中表达微弱,在乳腺癌组织中高表达。同时,RPN11高表达与高临床分期密切相关（P<0.05）。在乳腺癌细胞系MDA-MB-231及T47D中,我们应用siRNA的方法研究降低RPN11表达后对细胞增殖的影响。通过应用MTT法检测,结果表明降低RPN11的表达显着抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231及T47D的增殖。此外,我们应用流式细胞技术检测了 RPN11对细胞凋亡及细胞周期的影响。同样,数据表明敲低RPN11的表达可引起细胞凋亡率的提高以及细胞周期抑制。其中我们还观察到,RPN11表达的降低诱导细胞周期在G0/G1停滞。另外,我们通过western blot的方法检测了细胞周期蛋白D1及c-PARP的表达,结果表明,敲低RPN11的表达可上调c-PARP的表达,抑制细胞周期蛋白D1的表达。相反,我们在人乳腺癌细胞系MCF7及Hs578T中通过高表达载体过表达RPN11,结果表明过表达RPN11促进细胞增殖,使细胞周期进展,抑制凋亡。Transwell实验结果表明,敲低RPN11的表达后乳腺癌细胞的迁移能力下降。上皮间质转化（EMT）是肿瘤细胞具有迁移能力的重要一步。我们通过qRT-PCR的方法检测敲低RPN11后EMT相关基因的表达。我们发现E-cadherin表达上调,N-cadherin、FN1及vimentin表达下降。EMT相关的调节因子如Snail（SNAI1）和Slug（SNAI2）也同样受抑制。Western blot检测也显示了类似的结果。总的来说,我们的数据表明,在乳腺癌中Rpn11的高表达可能参与促进癌细胞迁移。本次研究在乳腺癌组织中证实了 RPN11的表达情况并确认其对乳腺癌预后的影响。通过一系列的细胞学实验证实其对细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡及细胞迁移的影响。RPN11可作为靶点之一,为靶向治疗乳腺癌提供理论依据。
杨作森[6]（2004）在《大肠癌中Plk1和p53过表达及二者的相关性研究》文中研究说明癌症被认为是通过多种的异常的基因的积累而导致的基因疾病，在它的一个重要的特点就是癌症细胞可以不受控制地生长繁殖，表现出“永生性”。中心体在细胞的有丝分裂中有重要作用，而与其相关的 Ｐｌｋ１ 就显得格外引人注意。 近来的 ｐｏｌｏ－ｌｉｋｅ 激酶作为一个新出现的细胞－循环调节因子家族的成员展现出在多个种属诸如果蝇、酵母以及哺乳动物中经由 Ｍ 期进程的关键作用。在真核细胞中，蛋白质磷酸化作用在促进细胞周期的进程中发挥关键作用，大多数调节细胞－循环转换的酶是细胞周期蛋白－依赖激酶（ＣＤＫｓ），但是毫无疑问在结构上与 ＣＤＫｓ 不同的 ＰＯＬＯ 蛋白质激酶也发挥了重要的作用，这些激酶可能既调节 ＣＤＫｓ 的功能又能协调 ＣＤＫｓ 使进入特殊的细胞－周期的转换。 ＰＬＫ 家族中发现的成员，从果蝇黑胃中丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶“ＰＯＬＯ”在对于表现出晚期幼虫和早期蛹的致命性突变体的研究期间被鉴定。ｐｏｌｏ 基因的突变体能导致异常的有丝分裂的高发生率和在幼虫神经母细胞中的异常染色体的分离。细胞频繁表现出高度浓缩的染色体，单极纺锤体以及未组装的纺锤体极体。相似的表现型也可以在雄性减数分裂中见到，表明 ＰＯＬＯ 激酶对于有丝分裂和减数分裂中纺锤体的功能都是必需的。与有丝分裂的作用一致，ＰＯＬＯ 激酶的活性被报道在多核体胚胎中分裂后期到末期的后期达到高峰。 与果蝇 ｐｏｌｏ 相关的激酶在广泛的从酵母到人类中的组织上被定性。ＰＯＬＯ 类似物的公认的功能在芽殖酵母、裂殖酵母、哺乳动物以及蛙类中被鉴定。在基因分析的基础上，不光是酿酒酵母中观察到的表现型表现出不精确的协调性，而且到目前还没有在二者之间有补充的报道。特殊的是芽殖酵母 ｃｄｃ５ 突变体在有丝分裂后期停滞带有部分分离的染色体在一个延长的饿纺锤体上，表明 Ｃｄｃ５ｐ 可能介导后来的事件使双极纺锤体形成。相对的是，裂殖酵母 Ｐｌｏ１ 激酶看起来既能调节纺锤体的形成又能调节它的分离，而失去了 Ｐｌｏ１ 的功能则导致既有一个有丝分裂的停滞，细胞表现出在单极纺锤体上浓缩的染色体，又有之后的核分裂的失败。Ｐｌｏ１ 的一个重要的在分离中调节因子的功能是观察得到的，是肌动蛋白环的形成以及隔膜材料的沉积都因 Ｐｌｏ１ 的缺如而受影响；而且，Ｐｌｏ１ 的过表达能扳机在细胞循环中各个点上发生分离。这是有可能的即 ＰＬＫｓ 可能完成一些不同的功能在不同的组织中。有选择的是由废除 ＰＬＫ 功能所致的最终结果在每一个组织中都有可能依赖于细胞循环周期事件的精密的时间性。 在哺乳动物中，一些不同的 ＰＬＫｓ 都被鉴定。并且认为特异的 ＰＬＫｓ 可能在细胞周期的不同阶段发挥作用，这很有吸引力。在这些 ＰＬＫｓ 中，Ｐｌｋ１ 最接近果蝇 ＰＯＬＯ。 ·92·<WP=100>吉林大学博士学位论文 所有目前已知的 ＰＬＫｓ 都在 Ｎ－末端有它们的催化区域，并且它们实质上分享了序列上的相似性。不光是在它们的催化区域上，并且也在它们的 Ｃ－末端区域上。特殊的是一个 ３０ 个氨基酸的结构（这里叫 ｐｏｌｏ－ｂｏｘ）是高度保守的并且可能表现出ＰＬＫｓ 的特性的信号。 在哺乳动物的细胞周期中，Ｐｌｋ１ 在有丝分裂的调控中发挥关键的作用。Ｐｌｋ１ 参与了中心体循环、纺锤体的形成以及染色体分离的调节，Ｐｌｋ１ 蛋白在 Ｓ 到 Ｇ２ 期开始积累，并在有丝分裂之后下降。在此之前已经有人研究了在支气管－肺泡癌、鳞状细胞癌、食管癌、胃癌和肺癌中有 Ｐｌｋ１ 的过表达。有人已经提出将 Ｐｌｋ１ 作为肿瘤细胞增殖因素的一个标志物。 ｐ５３ 肿瘤抑制因子基因通过捕获杀死潜在的肿瘤细胞在防止癌症发展中发挥重要作用，突变的 ｐ５３ 基因导致了 ｐ５３ 活性功能的丢失，可在大约半数的人类癌症中被找到。这是肿瘤中最常见的遗传学改变，说明该基因的改变很可能是人类肿瘤产生的主要发病因素。 ｐ５３ 是一个非常有效的细胞生长的抑制因子，包括细胞循环的停滞和／或程序性细胞死亡，这依赖与细胞的类型以及环境因素。ｐ５３ 功能的调节作用因此对于允许正常细胞的分裂以及肿瘤抑制作用都是很关键的 －－－ ｐ５３ 的功能必须是有充分地缓冲作用，它能允许正常的生长和发展，同时保留有在对于和肿瘤发生有关的应激反应中的快速的诱导功能。因此看起来有证据显示由 ｐ５３ 功能控制的主要机制是 ｐ５３蛋白水平的调节，ｐ５３ 蛋白的定位的控制以及 ｐ５３ 功能的调整，特别是它有这样的功能即可作为序列特殊的转录因子。ｐ５３ 蛋白服从于一些翻译后的修饰以及与其他众多的细胞蛋白质相互作用，这些修饰和蛋白质间的相互作用对于 ｐ５３ 稳定性定位以及功能的调节有影响。 一些在癌症中的反常的增殖作用中有作用的致癌基因已经被显示出能够诱导ｐ５３，有在阻止肿瘤的发展中发挥关键作用的功能。然而，这些主要的致癌基因也是正常细胞循环进程的重要组成部分，这就提出这样一个问题，在
二、Overexpression of a novel gene , Cms1, can rescue the growth arrest of a Saccharomyces cerevisiae mcm10 suppressor（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Overexpression of a novel gene , Cms1, can rescue the growth arrest of a Saccharomyces cerevisiae mcm10 suppressor（论文提纲范文）
（1）基于多组学数据的活跃模块识别问题研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.2 相关知识介绍 |
| 1.2.1 多组学数据 |
| 1.2.2 人类癌症数据库 |
| 1.3 国内外研究现状 |
| 1.4 论文的研究内容与创新点 |
| 1.5 论文结构与安排 |
| 第2章 基因优先级排序方法 |
| 2.1 符号定义及问题描述 |
| 2.2 预测基因潜在活跃评分 |
| 2.3 基因优先级排序方法GEPR1 |
| 2.4 基因优先级排序方法GEPR2 |
| 2.5 实验结果 |
| 2.5.1 乳腺癌 |
| 2.5.2 宫颈癌 |
| 2.6 本章小结 |
| 第3章 活跃模块识别方法 |
| 3.1 符号定义与问题模型 |
| 3.2 NSEA算法 |
| 3.3 实验结果与分析 |
| 3.3.1 生物数据实验 |
| 3.3.2 模拟数据实验 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 总结与展望 |
| 4.1 论文总结 |
| 4.2 未来工作展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的科研和奖励情况 |
| 致谢 |
（2）酿酒酵母Cip1调控细胞周期G1/S转换的功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩写词表 |
| 1 引言 |
| 1.1 真核生物细胞周期调控 |
| 1.1.1 细胞周期 |
| 1.1.2 CDK复合体 |
| 1.1.3 细胞周期负调控因子 |
| 1.2 Cdk1调控概述 |
| 1.2.1 Cdk1调控酿酒酵母出芽生长 |
| 1.2.2 Cdk1维持基因组稳定 |
| 1.2.3 Cdk1调控细胞周期转录程序 |
| 1.3 G1/S转换机制概述 |
| 1.3.1 SBF和MBF介导G1/S转录调控 |
| 1.3.2 新基因参与G1/S转换精密调控 |
| 1.3.3 G1/S检验点与癌症的关系 |
| 1.4 Cip1研究进展 |
| 1.4.1 Cip1作为Cdkl新型负调控因子的作用 |
| 1.4.2 Cip1响应胁迫应答 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 菌株和质粒 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器 |
| 2.1.3 培养基和试剂配制 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.3 RbCl法制备DH5a和BL21感受态 |
| 2.2.4 载体构建 |
| 2.2.5 基因定点突变载体构建 |
| 2.2.6 酿酒酵母转化 |
| 2.2.7 酿酒酵母菌株构建 |
| 2.2.8 RNA提取和实时荧光定量PCR |
| 2.2.9 酵母双杂交 |
| 2.2.10 三氯乙酸法提取变性全蛋白 |
| 2.2.11 非变性全蛋白提取 |
| 2.2.12 蛋白质变性SDS-PAGE电泳分离 |
| 2.2.13 免疫印迹技术 |
| 2.2.14 免疫沉淀和免疫共沉淀 |
| 2.2.15 重组蛋白表达和纯化 |
| 2.2.16 蛋白胶银染 |
| 2.2.17 梯度稀释表型分析 |
| 2.2.18 细胞周期性样品收取 |
| 2.2.19 过表达蛋白样品收取 |
| 2.2.20 生长素诱导靶标蛋白降解(AID)系统的构建 |
| 2.2.21 细胞形态和细胞核染色观察 |
| 2.2.22 流式细胞术测定细胞大小 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 Cip1突变体分析 |
| 3.1.1 GAL:Cip1突变体细胞中G1/S转录分析 |
| 3.1.2 GAL:Cip1 cln3△突变体表型分析 |
| 3.1.3 cln3△ Cip1△突变体细胞中G1/S过渡分析 |
| 3.2 Cip1新靶标的筛选和鉴定 |
| 3.2.1 Cip1互作蛋白的质谱数据分析与鉴定 |
| 3.2.2 人细胞中p21与Ccr4之间存在相互作用 |
| 3.2.3 Ccr4和Cln3并行调控G1/S转换 |
| 3.3 Cip1双重调控Whi5的功能分析 |
| 3.3.1 Whi5缺失回复GAL:CIP1突变体的生长缺陷 |
| 3.3.2 cln3△Cip1△whi5△突变体细胞中G1/S过渡分析 |
| 3.4 Cip1 Thr135与Cln3和Ccr4的关联研究 |
| 3.4.1 Cip1定点突变体的创制 |
| 3.4.2 Cip1定点突变体表型分析 |
| 3.4.3 Cip1定点突变与Cln3和Ccr4-Caf120互作分析 |
| 3.4.4 GAL:CLN3 Cip1△突变体表型分析 |
| 3.4.5 Cip1与Ccr4在盐胁迫下的调控关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 Cln3-Cdk1和Ccr4-Caf120并行调控G1/S转换 |
| 4.2 Whi5缺失挽救Cip1高表达导致的细胞缺陷 |
| 4.3 Cip1蛋白序列中Thr135位点的磷酸化模拟 |
| 4.4 盐胁迫下Cip1与Ccr4相互作用加强 |
| 4.5 高表达Cip1的相互作用蛋白分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录A 菌株列表 |
| 附录B 质粒列表 |
| 附录C 引物列表 |
| 附录D 质粒图谱 |
| 在读期间发表的论文 |
| 作者简历 |
| 致谢 |
（3）CDC20和RRM1基因在人结直肠癌辐射敏感性调控中的作用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 肿瘤生物学概述 |
| 1.1.1 全球癌症现状 |
| 1.1.2 我国癌症现状 |
| 1.1.3 癌症治疗进展 |
| 1.2 辐射生物学概述 |
| 1.2.1 电离辐射的生物学效应 |
| 1.2.2 辐射诱导的细胞死亡类型 |
| 1.2.3 放射治疗的种类和用途 |
| 1.3 结直肠癌辐射敏感性研究概述 |
| 1.3.1 靶向DNA损伤修复 |
| 1.3.2 靶向细胞周期检验点 |
| 1.3.3 靶向凋亡等细胞死亡过程 |
| 1.3.4 靶向肿瘤微环境 |
| 1.3.5 其他靶点 |
| 1.4 CDC20概述 |
| 1.4.1 CDC20的结构 |
| 1.4.2 CDC20的功能 |
| 1.4.3 CDC20与肿瘤 |
| 1.5 RRM1概述 |
| 1.5.1 RRM1的结构 |
| 1.5.2 RRM1的功能 |
| 1.5.3 RRM1与肿瘤 |
| 1.6 主要研究内容与意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 细胞系 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 实验仪器与耗材 |
| 2.1.4 溶液配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细胞培养 |
| 2.2.2 RNAi干扰技术 |
| 2.2.3 慢病毒的包装与感染 |
| 2.2.4 分子克隆 |
| 2.2.5 实时定量PCR |
| 2.2.6 MTT比色法检测细胞活力 |
| 2.2.7 克隆形成实验 |
| 2.2.8 Caspase-3/7酶活检测 |
| 2.2.9 细胞核蛋白提取 |
| 2.2.10 细胞内活性氧(ROS)含量检测 |
| 2.2.11 细胞内脂质过氧化水平检测 |
| 2.2.12 细胞内MDA水平检测 |
| 2.2.13 细胞内谷胱甘肽过氧化物酶活性检测 |
| 2.2.14 细胞内还原型谷胱甘肽与氧化型谷胱甘肽水平检测 |
| 2.2.15 蛋白质免疫印迹 |
| 2.2.16 免疫共沉淀 |
| 2.2.17 GST-Pull Down实验 |
| 2.2.18 免疫荧光 |
| 2.2.19 动物实验 |
| 2.2.20 数据统计与分析 |
| 第3章 CDC20调控结直肠癌放疗增敏的机制研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 CDC20在肿瘤细胞中的表达情况 |
| 3.2.2 CDC20对辐射的响应情况 |
| 3.2.3 构建CDC20稳定敲低细胞系和过表达质粒 |
| 3.2.4 抑制CDC20促进电离辐射导致的DNA双链断裂损伤 |
| 3.2.5 抑制CDC20增加电离辐射诱导的内源性凋亡途径 |
| 3.2.6 CDC20特异性抑制剂apcin显着增加结直肠癌细胞的辐射敏感性 |
| 3.2.7 CDC20对Bcl-2家族蛋白的影响 |
| 3.2.8 CDC20蛋白在翻译水平上影响Mcl-1蛋白的表达 |
| 3.2.9 CDC20与Mcl-1存在直接相互作用 |
| 3.2.10 Chk1的磷酸化参与CDC20缺失细胞中凋亡信号的积累 |
| 3.2.11 体内实验证明降低CDC20表达增加异种移植物的辐射敏感性 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 靶向RRM1通过铁死亡途径改善肿瘤细胞的辐射/化疗敏感性 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 RRM1在人类肿瘤细胞中高表达 |
| 4.2.2 RRM1对辐射的响应 |
| 4.2.3 靶向RRM1促进辐射诱导的铁死亡 |
| 4.2.4 靶向RRM1影响GSH的合成、GPx活性以及GPX4基因的表达 |
| 4.2.5 RRM1调控p53的泛素化 |
| 4.2.6 RRM1通过泛素化酶/去泛素化酶调控p53的稳定性 |
| 4.2.7 RRM1调控p53-p21信号轴影响GPX4的表达 |
| 4.2.8 RRM1影响化疗药物(顺铂)的敏感性 |
| 4.2.9 吉西他滨联合Erastin促进肿瘤细胞的铁死亡 |
| 4.2.10 抑制RRM1增加辐射诱导的DNA双链断裂损伤 |
| 4.2.11 抑制RRM1促进辐射诱导的凋亡信号 |
| 4.2.12 RRM1介导辐射诱导的铁死亡与凋亡之间的关系 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 总结与展望 |
| 5.1 全文总结 |
| 5.2 工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 |
（4）赖氨酸巴豆酰化在mESC多能性调控中的作用研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 中文摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 第一章 实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 实验用菌株、质粒与细胞株 |
| 1.1.2 主要仪器与设备 |
| 1.1.3 主要购买试剂 |
| 1.1.4 RT-q PCR引物序列 |
| 1.1.5 抗体信息 |
| 1.1.6 主要实验试剂制备 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 小鼠OG2 ESCs和 OG2 Epi SCs的分离与培养 |
| 1.2.2 实时荧光定量PCR(RT-q PCR) |
| 1.2.3 克隆 |
| 1.2.4 HEK293T细胞培养 |
| 1.2.5 细胞转染 |
| 1.2.6 蛋白样品处理 |
| 1.2.7 蛋白质印迹实验(Western bloting) |
| 1.2.8 蛋白酶体实验 |
| 第二章 实验结果 |
| 2.1 小鼠多能干细胞的身份鉴定 |
| 2.2 巴豆酰化蛋白组的LC/MS分析 |
| 2.3 巴豆酰化蛋白的筛选和鉴定 |
| 2.4 巴豆酸促进mESCs多能性的维持 |
| 2.5 巴豆酸延缓mESCs分化 |
| 2.6 UPS中存在着丰富的巴豆酰化修饰 |
| 2.7 赖氨酸巴豆酰化增强蛋白酶体活性 |
| 第三章 实验结论、讨论与展望 |
| 3.1 实验结论与讨论 |
| 3.2 展望 |
| 参考文献一 |
| 第四章 文献综述 |
| 4.1 胚胎干细胞简介 |
| 4.1.1 胚胎干细胞基本特征 |
| 4.1.2 胚胎干细胞的鉴定方法 |
| 4.1.3 胚胎干细胞的来源 |
| 4.1.4 Na?ve与 primed ESCs |
| 4.1.5 胚胎干细胞的体外培养 |
| 4.2 蛋白质的翻译后修饰 |
| 4.2.1 赖氨酸巴豆酰化的发现 |
| 4.2.2 赖氨酸巴豆酰化修饰的readers,writers与 erasers |
| 4.2.3 巴豆酰化的功能 |
| 4.3 蛋白酶体 |
| 4.3.1 蛋白酶体的结构与功能 |
| 4.3.2 蛋白酶体与细胞多能性的关系 |
| 参考文献二 |
| 作者简介 |
| 声明 |
| 致谢 |
（5）去泛素化酶RPN11促进乳腺癌细胞增殖和迁移（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 泛素蛋白酶体系统 |
| 1.2 去泛素化 |
| 1.3 本课题的来源及重点 |
| 第二章 RPN11在乳腺癌及其癌旁组织的表达 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 抑制RPN11对细胞增殖、凋亡及细胞周期的影响 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 过表达RPN11对细胞增殖、凋亡及细胞周期的影响 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 RPN11对细胞迁移的影响 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 讨论 |
| 6.1 RPN11在乳腺癌及其癌旁组织的表达 |
| 6.2 Rpn11与乳腺癌细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡的关系 |
| 6.3 RPN11对乳腺癌细胞迁移能力及EMT的影响 |
| 第七章 结论 |
| 参考文献 |
| 成果 |
| 致谢 |
（6）大肠癌中Plk1和p53过表达及二者的相关性研究（论文提纲范文）
| 英文缩写词表 |
| 前言 |
| 第一章 Plk 家族的研究进展 |
| 一. plｋ 家族成员 |
| 二. plks与细胞循环各细胞器的联系 |
| 三. plks的CooH结构域的研究 |
| 四. Plks在细胞循环中的控制作用 |
| 五. plk 家族成员在间期细胞－周期转换中的作用 |
| 六. plks在减数分裂中的研究 |
| 七. plk1 在临床方面的应用 |
| 第二章 ｐ53 肿瘤抑制因子的功能 |
| 一. ｐ53基因功能 |
| 二. ｐ53蛋白的结构 |
| 三. ｐ53基因家族 |
| 四. ｐ53的相关研究 |
| 五. ｐ53功能的调节 |
| 六. 确定反应的选择 |
| 七. 抑癌基因 ｐ53 的应用研究 |
| 八. 激活 ｐ53 基因网络功能的上游分子事件 |
| 九. 细胞内 ｐ53 蛋白表达水平的维持和调节 |
| 第三章 实验内容 |
| 前言 |
| 材料方法与结果判定 |
| 实验一:大肠癌中plk1和ｐ53蛋白的免疫组化染色 |
| 一. 材料与方法 |
| 二. 实验流程 |
| 三. 显微镜下观察 |
| 实验二:对于大肠癌中plk1和ｐ53的westernblot分析 |
| 一. 实验原理 |
| 二. 材料与方法 |
| 三. 实验流程 |
| 实验三:大肠癌中 plk1 与 ｐ53ｍ 的原位杂交 |
| 一. 基本原理 |
| 二. 材料与方法 |
| 三. 实验流程 |
| 实验结果 |
| 一. 结果判定 |
| (一) 免疫组化结果判定 |
| (二) westernblot 结果判定 |
| (三) 原位杂交结果判定 |
| 二. 结果分析 |
| 结果讨论 |
| 一. 大肠癌中POLO-like 激酶 1 的表达 |
| 二. 在大肠癌中 ｐ53 的表达 |
| 三. 大肠癌中 P1K1 与 ｐ53 的相关性分析 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表论文及获奖情况 |
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
四、Overexpression of a novel gene , Cms1, can rescue the growth arrest of a Saccharomyces cerevisiae mcm10 suppressor（论文参考文献）
- [1]基于多组学数据的活跃模块识别问题研究[D]. 张琦. 广西师范大学, 2021(09)
- [2]酿酒酵母Cip1调控细胞周期G1/S转换的功能研究[D]. 李盼. 河北农业大学, 2021
- [3]CDC20和RRM1基因在人结直肠癌辐射敏感性调控中的作用[D]. 高阳. 中国科学技术大学, 2021(09)
- [4]赖氨酸巴豆酰化在mESC多能性调控中的作用研究[D]. 孟锦. 广州医科大学, 2020(01)
- [5]去泛素化酶RPN11促进乳腺癌细胞增殖和迁移[D]. 罗国庆. 南方医科大学, 2017(12)
- [6]大肠癌中Plk1和p53过表达及二者的相关性研究[D]. 杨作森. 吉林大学, 2004(04)